年末調整で書類の差し出し忘れや控除の計算間違いに気づいた際の対処法を解説します。12月～1月中の会社での再計算手続きや、2月以降に個人で行う確定申告の手順、京都の事業者が抑えておきたい実務ポイントまで税理士が分かりやすく解説します。

年末調整の間違いや提出忘れは修正できます

年末調整の書類提出後に「控除の書き忘れ」や「申告内容の計算ミス」に気づくケースは少なくありません。間違いに気づいた時期によって対処法が異なり、会社側で再計算を行うか、従業員本人が確定申告を行うことで正しく修正できます。

年末調整で発生しやすい主な間違い

年末調整で特に修正依頼やミスが多く発生するのは以下の項目です。

• 配偶者控除・所得金額調整控除の適用漏れや所得見積もりのブレ

• 生命保険料控除・地震保険料控除の証明書添付忘れや誤転記

• 住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）の適用漏れ（2年目以降）

• 途中入社者の前職分の源泉徴収票の提出漏れ

いずれの場合も、放置すると税金の過不足が生じたままになってしまうため、適切に対応することが重要です。

年末調整の間違いに気づいた時期別の対処法

間違いに気づいた時期が「翌年1月31日まで」か「2月以降」かによって手続きの流れが変わります。

12月〜翌年1月31日までに気づいた場合：会社で再計算

給与所得者の扶養控除等申告書などの記載内容に異動があった場合、その年の最後の給与の支払を受ける日までに訂正を申し出ることができます。また、実務上、会社が翌年1月31日までに管轄の税務署へ法定調書を提出する前であれば、会社側で年末調整の再計算（再調製）を行って交付済みの源泉徴収票を差し替える対応が一般的です。

誤りに気づいたら速やかに自社の労務・経理担当部署へ連絡し、追加の証明書や訂正した申告書を提出してください。

2月以降に気づいた場合：個人で確定申告手続き

会社の年末調整の再計算期限（法定調書提出後など）を過ぎてしまった場合は、従業員自身が管轄の税務署へ確定申告を行うことで修正します。

• 控除を適用し忘れて税金を納めすぎていた場合：確定申告期間中または過去5年間にわたり「還付申告」を行うことで、納めすぎた所得税の還付を受けられます。

• 配偶者の収入増加などで税金の不足が生じる場合：確定申告を行って不足分の税金を納付します。放置すると過少申告加算税や延滞税が課される場合があるため注意が必要です。

京都の中小企業・事業者が押さえておきたい実務のポイント

京都府内の中小企業や店舗では、年末調整のやり直し作業が現場の大きな負担となることがあります。効率的な運用と過不足のない申告を行うためのポイントをまとめました。

繁忙期（12月〜1月）における社内手続きの事前周知

京都の観光関連事業者や飲食店、製造業などでは、年末年始が年間を通しても特に忙しい時期と重なります。12月後半以降に修正対応が発生すると経理ラインが圧迫されるため、11月の申告書配布時点で「証明書の添付漏れがないか」「前職の源泉徴収票は揃っているか」を従業員へ周知徹底することが大切です。

京都府内の税務署への提出期限と電子化の活用

会社が作成する「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」は、翌年1月31日までに所轄の税務署（京都市内であれば中京税務署、東山税務署、左京税務署など）へ提出する義務があります。電子申告（e-Tax）を活用することで、再計算時の修正データ送信や法定調書の提出手続きをスムーズに進めることが可能です。

年末調整のやり直しや税務手続きを税理士に相談するメリット

年末調整や確定申告の手続きは複雑であり、法改正も頻繁に行われます。専門家である税理士へ相談・依頼することで以下のようなメリットが得られます。

複雑な控除計算や過年度の修正申告に正確に対応できる

配偶者特別控除の段階的な判定や、複数年前に遡っての修正・還付申告など、自社や個人では判断が難しいケースでも、税理士が介在することで正確かつ迅速に処理を行えます。

経理・労務担当者の業務負担を大幅に軽減できる

社内での年末調整データのチェックややり直し作業を税理士事務所・社会保険労務士等と連携してアウトソーシング・相談できる環境を整えることで、本業の事業運営に集中できます。

まとめ

年末調整の間違いや提出忘れは、時期に応じた適切な対応を取れば問題なく解消できます。1月31日頃までであれば会社での再計算、それを過ぎた場合は個人での確定申告によって税金の過不足を調整しましょう。

社内での集計ミスを減らしたい事業者様や、過年度の確定申告について確認したい個人の方は、専門家への相談をご検討ください。

参考にした情報：

• 国税庁「No.2671 年末調整の後に扶養親族等の数に変更があったとき」（2026年11月11日取得）

• 国税庁「No.2026 還付申告」（2026年11月11日取得）

免責文：※本記事の内容は執筆時点の情報に基づいています。制度内容や要件は変更される場合があるため、最新情報は各公式サイトをご確認いただくか、当事務所まで直接ご相談ください。

ご相談はお気軽にどうぞ

税理士法人優和 京都本部では、初回のご相談を無料でお受けしています。「まだ具体的に決まって いないが、話だけ聞いてみたい」という段階でも構いません。 京都・滋賀・大阪を中心に、創業期から事業承継まで幅広くご支援しております。 お問い合わせはこちら